Fondata nel 729 a.C., da Hyblon, re siculo di Hybla, la sua espansione fu fortemente limitata dalla vicinanza di Leontinoi e di Siracusa, così una parte della popolazione emigrò e fondò la città di Selinunte. Megara fu distrutta dai Siracusani nel 483-482 a.C. Ricostruita da Timoleonte, fu distrutta completamente dall'esercito romano nel 214-213 a.C. A dieci chilometri da Augusta, in provincia di Siracusa, vicina ad altri interessanti insediamenti, quali Thapsos e Stentinello e ad alcuni villaggi preistorici, Megara Hyblaea è la testimonianza più significativa nella Sicilia orientale della migrazione dal mondo greco verso il Mediterraneo, datata VIII sec. a. C.. Il nome della città deriva dal re siculo Hyblone che abitava nella vicina Pantalica.

Gli scavi guidati da archeologi illustri come Bernabò Brea, Georges Vallet e François Villard, hanno riportato alla luce tracce talmente chiare dell'urbanistica di Megera, che oggi se ne comprende l'intera evoluzione.

Abitato sin dal neolitico medio (4000 anni prima di Cristo), il sito mostra, tra l'altro, anche tracce di manufatti litici cui si aggiunsero gli influssi della cultura di Castelluccio.

Capire come si siano succedute nel tempo le due fasi della storia di questo luogo, quella arcaica e quella ellenistica, è possibile visitando innanzitutto l'antiquarium, nel quale figurano i plastici delle relative ricostruzioni. Il materiale archeologico rinvenuto dimostra che l'agorà (piazza principale) era di grandi dimensioni e su questa si affacciavano numerosi edifici. Tuttora visibili sono i resti di due templi dorici risalenti al VI e IV sec. a. C..

La posizione geografica di Megara facilitava gli scambi commerciale con la madre patria: il flusso costante di mercanti e viaggiatori agevolava lo scambio dei manufatti etnici con i prodotti locali quali, ad esempio, il grano e il famoso miele di Hybla, tanto apprezzato da Virgilio.

La maggior parte del patrimonio archeologico di Megara è oggi custodito nel museo P. Orsi di Siracusa (inserire info) dove, tra l'altro, si può ammirare la scultura arcaica della madre in trono con i gemelli (kourotrophos), l'elegante torso marmoreo di uomo (kouros), in stile dorico e una particolare maschera teatrale del VI sec. a. C..